وی که در دانشگاه ارومیه حاضر شده بود، در پاسخ به سئوال یکی از دانشجویان که درباره وضعیت دانشگاه آزاد از او سوال می‌کرد، با اشاره به این مطلب تاکید کرد: واقعیتی وجود دارد که  دولت فعلی تمام تلاش خود را بکار بست تا این موسسه علمی کشور را نیزهمچون بسیاری از بنگاههای دیگرمتلاشی کند و این در حالی بود که تعدادی از افراد معتمد نظام در هیئت موسسان این مجموعه حضور دارند. منبع

چندماه بعد از انتخابات نیز اسنادی از صورتجلسه اساتید دانشگاه آزاد، نماینده جاسبی و برخی از مسئولین تشکل‌های دانشجویی این دانشگاه منتشر شد که خبر از همکاری سازمانی دانشگاه آزاد با ستاد موسوی می‌داد:

سرخط چند خبر مرتبط با این موضوع:

دادسرای تهران: کشف اسناد محرمانه قراردادهای نفت و گاز در ساختمان هیات امنای دانشگاه آزاد
کمک مالی موسوی به دانشگاه آزاد در زمان نخست وزیری
دستور مدیریت دانشگاه آزاد برای همکاری با ستاد موسوی + سند
جمعی از دانشجویان سمنان: دانشگاه آزاد‌ ستاد انتخاباتی موسوی شده است

پی‌نوشت:
بحث وقف دانشگاه آزاد که این روزها در صدرخبرها قرار گرفته، برای نخستین بار در اواخر تابستان سال گذشته توسط یکی از اعضای هیئت امنای این دانشگاه منتشر شد.
عضو هیئت امنای دانشگاه آزاد تأکید کرده بود که وقف دارایی‌ها و اموال دانشگاه آزاد اسلامی با موافقت مقام معظم رهبری صورت گرفته است در حالی که این خبر از سوی دفتر مقام معظم رهبری تکذیب شده است.
پس از اعلام مجدد خبر وقف از سوی هاشمی رفسنجانی و جاسبی، موضوع تغییر در اساسنامه این دانشگاه، در دستور کار شورای عالی انقلاب فرهنگی قرار گرفت و اساسنامه جدید این دانشگاه با رای شواری عالی انقلاب فرهنگی به تصویب رسید.
پس از گذشت مدتی و با جلوگیری از وقف در اساسنامه جدید، طرحی در مجلس شورای اسلامی به تصویب رسید که بر اساس آن مجددا اجازه وقف دانشگاه آزاد به این دانشگاه داده می‌شد. نکته قابل تامل اینکه، رهبر معظم انقلاب، پیش از این تاکید کرده بودند: «مصلحت نیست مجلس شورای اسلامی مصوبه‌ی شورای عالی انقلاب فرهنگی را نقض کند».